De kerk is het werk van de Haarlemse architect Petrus Johannes Bekkers (1859-1918). Bekkers was een leerling van de grote bouwmeester P.J.H. Cuypers (1827-1921). Zo hielp Bekkers Cuypers bij de bouw van het Rijksmuseum in Amsterdam. In tegenstelling tot Cuypers die alles (exterieur, interieur als ook gebruiksvoorwerpen) ontwierp, hield Bekkers zich uitsluitend bezig met het gebouw. Hij bouwde in Reusel, Eindhoven, Amsterdam, Haarlem en Nieuwe Niedorp. De Sint-Jan-de-Doperkerk in Noord-Scharwoude is de laatste grote neogotische kerk die Bekkers ontwierp en bouwde. De bouwwerkzaamheden van de kerk werd aan de firma Van Bakkeren uit Princenhage gegund.